הוגשה לבית הדין הגדול בקשת המערערים לידון בשני הערעורים כאחד, ובית הדין נעתר לבקשה וקבע:
לאחר העיון בחומר שבתיק ממנה נראה כי קיימת תשתית עובדתית ומשפטית משותפת לשני התיקים, ולאור הבקשה בהסכמה שהציגו שני המערערים לאיחוד תיקים, בית הדין מורה על שמיעת שני הערעורים במסגרת דיון אחד.
יש לציין שלבית הדין האיזורי הוגשו בקשות חוזרות ונישנות של שני הצדדים: מצד אחד בקשות הגבאים לפסול הנאמנים החדשים, תוך כדי העלאת טענות על נאמנותם, ומצד שני תלונות הנאמנים כי הגבאים לא נשמעים להוראות בית הדין, גובים כספים ומנהלים את בית הכנסת תוך כדי היתעלמות מהנאמנים, ותוך כדי שימוש בכספים שגבו.
ממכתב זה עולה כי הגבאים מחזיקים בכספי ההקדש בנגוד להחלטות קודמות של בית הדין בית הדין מוציא צו לגילוי מסמכים המורה לבנק מזרחי טפחות בע"מ להעביר לבית הדין בתוך ארבעה־עשר יום דפי חשבון בנק של חשבון מספר 461-071858 מיום 1.1.2019 ועד ליום 7.7.2020, לצורך בירור כספי ההקדש המופקדים בחשבון זה.
בתגובה להחלטה זו הגישו גבאי בית הכנסת מחאה לבית הדין על ההתעלמות מעמדתם ומטענותיהם.
לפי תפיסה זו אכן בית הדין אינו מוסמך למנות נאמנים מכיוון ששטר ההקדש קובע מי ימנה נאמנים, משכך בית הדין משולל סמכות למנות נאמנים וכדברי תשובת הרשב"א. וכמו שביארנו אכן אמת היא, שעל פי שטר הקדש זה, בית הדין אינו יכול למנות נאמנים, משכך נשללה עילת התביעה ועילת העירעור, אלא דא עקא שכפי שביארנו פרשנות בית הדין לשטר ההקדש אינה נכונה, המקדישים קבעו במפורש מי יהיו הנאמנים ובאיזה אופן יקבעו.
...
יש לציין שעיקר התעוררות התובע לשינוי המצב בשל פגיעה בקדושת בית הכנסת והפעולות שפעל באמצעות בא כוחו טו"ר חנניה צפר הם נכונות, מוצדקות ובאות ממקור טוב, ואכן הנתבעים לא חלקו על עיקר טענותיו ובסופו של דבר הצטרפו לתביעתו, גם בית הדין הסכים עקרונית שהתביעה לתיקון המצב צודקת.
השכרת המקום הביאה תקלות חמורות וחילול קדושת בית הכנסת, ולכן אנו מצפים שלא ישכירו את המקום אלא לצורך גדול, לאחר שבית הדין יבחן את חוזה ההשכרה, לאחר שבחוזה יוכנס סעיף שבית הדין יכול, באופן חד־צדדי וללא קיום דיון הוכחות וכו', לבטל את חוזה השכירות, וכן לאחר שהשוכר יפקיד בבית הדין ערובה בסכום גבוה ביותר, ובית הדין יוכל לחלט את כספי הערובה לפי שיקול דעתו הבלעדי, אם השוכר או מי מטעמו, ינהגו באופן שאינו מכבד את קדושת בית הכנסת!
בנוסף – סעיפים א–ד במסקנות הנ"ל חלים לאלתר, וכן סעיף ט למסקנה הנ"ל.
באשר לסעיף ז הנ"ל – הואיל והנאמנים מסיימים את תפקידם במאי 22, דהיינו עוד מספר חודשים, ולאור האמור לעיל, איני מוצא מקום להעבירם מתפקידם כעת.
בנוגע להצעת הגר"צ בן יעקב כי נוכח הקלקולים שאליהם הביאה הגישה שעשתה את מיצוי הרווחים – ולו גם למטרות טובות – עטרה לראשה, על חשבון ייעודו המרכזי של בית הכנסת ועל חשבון שמירת קדושתו, יש להקפיא למשך שלוש שנים כל עיסוק ממין זה:
סבורני כי במישור העקרוני יש טעם בדבר, כדי לרפא את החולי הקיים עתה בהתייחסות לבית הכנסת כאל משאב נדל"ני ועל דרך דברי הרמב"ם (הלכות דעות פרק ב הלכה ב) בעניין מי שנטה באחת מן הדעות לדרך רעה, שאף שהדרך הבינונית היא הטובה, מכל מקום זה שנטה ממנה צד אחד "ירחיק עצמו לקצה השני וינהוג בו זמן רב עד שיחזור בו לדרך הטובה". אך עם זאת איננו יכולים לקבוע קביעה קטגורית כאמור שכן איננו יכולים לשלול את החשש והאפשרות שהוצאות וחובות שישנם או שייווצרו יביאו לידי כך שאם לא יושכרו חלקים מן ההקדש – יקרוס ההקדש ובית הכנסת כולו, או כי אי־מיצוי זכויות בנייה יביא לנזק בלתי־הפיך להקדש.
לפיכך סבורני כי האיזון הראוי הוא כי כל החלטה בדבר השכרה של חלק זה או אחר מנכסי ההקדש תתקבל – אם תתקבל – במשך שלוש שנים אלה רק אם יסכימו לה כל נאמני ההקדש פה אחד או שתאושר על ידי בית הדין לאחר שיבחן אותה לגופה.